Heyboer werd geboren te Sabang, op het Indonesische eiland Pulau Weh (ten noorden van Sumatra), als zoon van een werktuigbouwkundig ingenieur. Vijf maanden later verhuisde het gezin naar Haarlem, in 1925 naar Delft, in 1929 naar Voorburg en van 1933 tot 1938 woonde het gezin op Curaçao. Heyboer werd opgeleid tot werktuigbouwkundige. Nog voor het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog keerde het gezin terug naar Haarlem. In 1943 werd Heyboer door de Duitsers opgepakt in het kader van de Arbeitseinsatz en overgebracht naar een lager voor buitenlandse dwangarbeiders te Berlijn. Hij wist te ontsnappen en vluchtte getraumatiseerd naar Nederland, waar hij bij zijn ouders onderdook maar zo nu en dan in Vinkeveen in een bootje tussen het riet even uit de benauwdheid van het onderduiken kon ontsnappen.